Cuando la pulpa está inflamada o infectada hay que eliminarla, desinfectar el sistema de conductos y por último sellarlos para que no se vuelva a contaminar. Esto se realiza mediante instrumentos y equipos especializados que sólo el especialista en Endodoncia puede utilizar, ya que es quien tiene el conocimiento del manejo del proceso inflamatorio e infeccioso que se presenta.
Se realiza la desinfección de la pulpa, conformación con limas rotatorias de níquel titanio, localizador de conductos para medir la longitud del conducto y otros procedimientos con más equipo especializado.

Radiografías anterior y posterior al tratamiento de endodoncia
Procedimientos posibles a realizar en caso de presentar estos padecimientos:
- Tratamientos de conductos
- Retratamiento de conductos
- Cirugía apical
- Remoción de poste
- Hemisección
- Radisectomía
- Sellado de perforaciones